TCGA-miRNA差异表达分析

《TCGA-miRNA差异表达分析》有34条回应

1. 刘生说：

   2018年10月12日 下午10:42

   请问下载mirRNA.isoform形式的做差异分析试过吗

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   • daizao说：

     2018年10月13日 上午12:27

     没试过，但是我专门看了下那个数据，也有read_count数和microRNA的ID，所以只要你提取合并后都可以分析的

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2. JM说：

   2018年12月28日 下午5:32

   xMax=max(-log10(allDiff$FDR))+1。为什么我这算出来是无穷大

   回复
   • daizao说：

     2018年12月29日 上午1:34

     看下allDiff$FDR是不是有0值

     回复
3. 罗鑫说：

   2019年9月1日 上午11:20

   大神您好，我在这个过程中遇到一些问题，方便加个微信帮助一下不，wx号：416891498（毒毛花苷）

   回复
   • daizao说：

     2019年9月1日 下午8:22

     什么错误？

     回复
     • 罗鑫说：

       2019年9月2日 下午9:00

       TCGA生存分析的时候没法提取临床生存时间数据，用的是survival time的perl脚本，报错：Use of uninitialized value $submitterId in split at survival_time.pl line 26, line 7506.
       Use of uninitialized value $subId[0] in exists at survival_time.pl line 27, line 7506.。。。。。。另外就是我没有miRNA merge的perl脚本，没法合并数据，希望老师多多帮忙，谢谢

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       • daizao说：

         2019年9月3日 上午1:01

         估计你写的代码有问题吧，26行报错了

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         • 罗鑫说：

           2019年9月3日 下午9:35

           可不可以发一个survival_time和miRNA merge的perl脚本到我的邮箱，我最近也是刚学生信，没有基础，就想快点补个生存分析发文章
         • 罗鑫说：

           2019年9月5日 下午9:44

           !/usr/bin/perl -w

           use strict;
           use warnings;

           my $file=$ARGV[0];

           use Data::Dumper;

           use JSON;
           my $json = new JSON;
           my $js;

           open JFILE, “$file”;
           while() {
           $js .= “$_”;
           }
           my $obj = $json->decode($js);

           print $obj->[0]->{‘cases’}->[0]->{‘diagnoses’}->[0]->{‘vital_status’} . “\n”;

           open(WF,”>time.txt”) or die $!;
           print WF “id\tfutime\tfustat\n”;
           my %hash=();
           for my $i(@{$obj})
           {
           my $vitalsStatus=$i->{‘cases’}->[0]->{‘diagnoses’}->[0]->{‘vital_status’};
           my $submitterId=$i->{‘cases’}->[0]->{‘diagnoses’}->[0]->{‘treatments’}->[0]->{‘submitter_id’};
           my @subId=split(/_/,$submitterId);
           if(exists $hash{$subId[0]})
           {
           #print $subId[0] . “\n”;
           next;
           }
           else
           {
           $hash{$subId[0]}=1;
           }

           if($vitalsStatus eq 'alive')
{
my $days_to_last_follow_up=$i->{'cases'}->[0]->{'diagnoses'}->[0]->{'days_to_last_follow_up'};
if(defined $days_to_last_follow_up)
{
print WF "$subId[0]\t$days_to_last_follow_up\t0\n";
}
}
else
{
my $days_to_death=$i->{'cases'}->[0]->{'diagnoses'}->[0]->{'days_to_death'};
if(defined $days_to_death)
{
print WF "$subId[0]\t$days_to_death\t1\n";
}
}


           }
           close(WF);

           print Dumper $obj

           这是我的survival time.pl脚本，我不知道问题出在哪里，求大神指教
         • daizao说：

           2019年9月6日 下午8:22

           你把你的输入文件，格式贴出来我看看
         • 罗鑫说：

           2019年9月7日 上午10:44

           clinical.cart.2019-08-31.json/metadata.cart.2019-08-30.json 这就是在TCGA网址上下载的cart文件
         • daizao说：

           2019年9月7日 下午3:32

           贴出来比较方便我看你的代码
       • bundy说：

         2020年6月16日 下午10:53

         请问survival time文件是空文件这个问题解决了吗？同问！盼回复

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4. 罗鑫说：

   2019年9月8日 下午7:20

   PS C:\Users\luo xin\Desktop\TCGA\WT TCGA\time-2> perl .\survival_time.pl .\metadata.cart.2019-08-31.json
   Use of uninitialized value $submitterId in split at .\survival_time.pl line 26, line 59350.
   Use of uninitialized value $subId[0] in exists at .\survival_time.pl line 27, line 59350.
   Use of uninitialized value $subId[0] in hash element at .\survival_time.pl line 34, line 59350.
   Use of uninitialized value $vitalsStatus in string eq at .\survival_time.pl line 37, line 59350.
   我不太明白怎么贴代码，这就是输入的代码及结果，结果生成的是一个空文件，没有生存时间

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   • daizao说：

     2019年9月9日 上午11:17

     你贴的代码，我看到了，但是你的json文件没有贴上来。

     回复
     • 罗鑫说：

       2019年9月10日 上午10:47

       大神，miRNA差异分析第一步，miRNA数据合并我就不会，能不能提供一个miRNA数据合并的脚本代码给我，万分感谢!

       回复
5. 罗鑫说：

   2019年9月9日 下午2:51

   json文件太长了没法贴，就是在TCGA下载的cart临床文件
   [{
   “md5sum”: “d44eceff2bf522054905d30c252ac54e”,
   “data_type”: “Gene Expression Quantification”,
   “file_name”: “ca57d990-f70a-4506-ae83-4e0a9b46a02d.htseq.counts.gz”,
   “file_size”: 263253,
   “data_format”: “TXT”,
   “analysis”: {
   “analysis_id”: “5990574e-753c-4203-984e-0d7169874262”,
   “updated_datetime”: “2018-09-05T17:42:44.583641-05:00”,
   “created_datetime”: “2016-06-01T23:23:57.887864-05:00”,
   “submitter_id”: “ca57d990-f70a-4506-ae83-4e0a9b46a02d_count”,
   “state”: “released”,
   “workflow_link”: “https://github.com/NCI-GDC/htseq-cwl”,
   “workflow_type”: “HTSeq – Counts”,
   “workflow_version”: “v1”,
   “input_files”: [
   {
   “data_type”: “Aligned Reads”,
   “updated_datetime”: “2019-05-23T23:18:56.477854+00:00”,
   “created_datetime”: “2016-05-30T19:08:59.396179-05:00”,
   “file_name”: “97a8cf4f-52b8-4b21-a59d-ecac0c93c15f_gdc_realn_rehead.bam”,
   “md5sum”: “369085c9f9fe0c68c94aecce6c0958a2”,
   “data_format”: “BAM”,
   “submitter_id”: “97a8cf4f-52b8-4b21-a59d-ecac0c93c15f”,
   “access”: “controlled”,
   “platform”: “Illumina”,
   “state”: “released”,
   “file_id”: “b34557a1-0b59-4fd3-b06d-a53be5691639”,
   “data_category”: “Sequencing Reads”,
   “file_size”: 20685837333,
   “experimental_strategy”: “RNA-Seq”
   }
   ]
   },
   “submitter_id”: “ca57d990-f70a-4506-ae83-4e0a9b46a02d_count”,
   “access”: “open”,
   “state”: “released”,
   “file_id”: “090330b6-5568-45b5-bd4d-3d4b3b8d846c”,
   “data_category”: “Transcriptome Profiling”,
   “associated_entities”: [
   {
   “entity_id”: “27e3aaf3-305f-5c22-957c-c5e5f9829b0c”,
   “case_id”: “3a4693f0-cf26-5767-b036-5d51a46cf1a6”,
   “entity_submitter_id”: “TARGET-50-PALDTE-01A-01R”,
   “entity_type”: “aliquot”
   }
   ],
   “experimental_strategy”: “RNA-Seq”
   },{
   “md5sum”: “e7ec44c0285b9e8dbad2834f6d7f4777”,
   “data_type”: “Gene Expression Quantification”,
   “file_name”: “6590e431-0b86-4337-893c-77d08491a94d.htseq.counts.gz”,
   “file_size”: 259822,
   “data_format”: “TXT”,
   “analysis”: {
   “analysis_id”: “4f602421-2e4d-4292-8515-9ef9338b1b8a”,
   “updated_datetime”: “2018-09-05T17:42:44.583641-05:00”,
   “created_datetime”: “2016-06-01T23:26:59.857859-05:00”,
   “submitter_id”: “6590e431-0b86-4337-893c-77d08491a94d_count”,
   “state”: “released”,
   “workflow_link”: “https://github.com/NCI-GDC/htseq-cwl”,
   “workflow_type”: “HTSeq – Counts”,
   “workflow_version”: “v1”,
   “input_files”: [
   {
   “data_type”: “Aligned Reads”,
   “updated_datetime”: “2019-05-23T23:18:56.477854+00:00”,
   “created_datetime”: “2016-05-31T02:55:06.334378-05:00”,
   “file_name”: “cfeac152-d75a-4a0d-869e-866830b23ae1_gdc_realn_rehead.bam”,
   “md5sum”: “5e01790c59c9a582833d7672ebcbafed”,
   “data_format”: “BAM”,
   “submitter_id”: “cfeac152-d75a-4a0d-869e-866830b23ae1”,
   “access”: “controlled”,
   “platform”: “Illumina”,
   “state”: “released”,
   “file_id”: “52b384d3-21d0-4a24-9f7f-34c3d54333a8”,
   “data_category”: “Sequencing Reads”,
   “file_size”: 12879275825,
   “experimental_strategy”: “RNA-Seq”
   }
   ]
   },
   “submitter_id”: “6590e431-0b86-4337-893c-77d08491a94d_count”,
   “access”: “open”,
   “state”: “released”,
   “file_id”: “5c91495b-7c2c-4638-954e-06195adc8877”,
   “data_category”: “Transcriptome Profiling”,
   “associated_entities”: [
   {
   “entity_id”: “001e1cad-9bf6-578d-b5fe-26c7c5ebd577”,
   “case_id”: “a0a0ceff-2847-5661-a117-c68ed2a57bd7”,
   “entity_submitter_id”: “TARGET-50-PAJMUF-01A-01R”,
   “entity_type”: “aliquot”
   }
   ],
   “experimental_strategy”: “RNA-Seq”
   },{
   “md5sum”: “6d1a0e62fd64dfa9571ed80ddd7d1457”,
   “data_type”: “Gene Expression Quantification”,
   “file_name”: “1b1ed2c4-0fc3-49d2-89c7-140083e330f5.htseq.counts.gz”,
   “file_size”: 261838,
   “data_format”: “TXT”,
   “analysis”: {
   “analysis_id”: “a2cd7540-1038-4460-bfbd-f13a2688b35e”,
   “updated_datetime”: “2018-09-05T17:42:44.583641-05:00”,
   “created_datetime”: “2016-06-01T23:27:58.374091-05:00”,
   “submitter_id”: “1b1ed2c4-0fc3-49d2-89c7-140083e330f5_count”,
   “state”: “released”,
   “workflow_link”: “https://github.com/NCI-GDC/htseq-cwl”,
   “workflow_type”: “HTSeq – Counts”,
   “workflow_version”: “v1”,
   “input_files”: [
   {
   “data_type”: “Aligned Reads”,
   “updated_datetime”: “2019-05-23T23:18:56.477854+00:00”,
   “created_datetime”: “2016-05-31T05:23:29.067381-05:00”,
   “file_name”: “ac7a04e6-f9db-42ae-9619-da011c96ffd8_gdc_realn_rehead.bam”,
   “md5sum”: “232c63fa6d810a03f2f5cefeaf5d4a38”,
   “data_format”: “BAM”,
   “submitter_id”: “ac7a04e6-f9db-42ae-9619-da011c96ffd8”,
   “access”: “controlled”,
   “platform”: “Illumina”,
   “state”: “released”,
   “file_id”: “12ee42a2-854f-4bbd-b432-e8eab99a0e67”,
   “data_category”: “Sequencing Reads”,
   “file_size”: 15080082683,
   “experimental_strategy”: “RNA-Seq”
   }
   ]
   },
   “submitter_id”: “1b1ed2c4-0fc3-49d2-89c7-140083e330f5_count”,
   “access”: “open”,
   “state”: “released”,
   “file_id”: “56a4b60d-baf1-4cfa-86d5-e2d146db30f7”,
   “data_category”: “Transcriptome Profiling”,

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   • daizao说：

     2019年9月11日 上午1:33

     你的json没贴全，感觉是循环的问题

     回复
     • ma sahara说：

       2019年9月27日 下午9:13

       你好，我也有遇到这个问题。perl survival_time.pl clinical.cart.2019-09-24.json提示Use of uninitialized value $vitalsStatus in string eq at survival_time.pl line 46, line 46884.
       脚本：

       !/usr/bin/perl -w

       use strict;
       use warnings;

       my $file=$ARGV[0];

       use Data::Dumper;

       macϵͳ: sudo cpan install JSON

       use JSON;
       my $json = new JSON;
       my $js;

       open JFILE, “$file”;
       while() {
       $js .= “$_”;
       }
       my $obj = $json->decode($js);

       print $obj->[0]->{‘cases’}->[0]->{‘diagnoses’}->[0]->{‘vital_status’} . “\n”;

       open(WF,”>time.txt”) or die $!;
       print WF “id\tfutime\tfustat\n”;
       my %hash=();
       my @samp1e=(localtime(time));
       for my $i(@{$obj})
       {
       my $vitalsStatus=$i->{‘diagnoses’}->[0]->{‘vital_status’};
       my $submitterId=$i->{‘diagnoses’}->[0]->{‘submitter_id’};
       my @subId=split(/_/,$submitterId);
       if(exists $hash{$subId[0]})
       {
       if($samp1e[5]>119){next;}
       #print $subId[0] . “\n”;
       if($samp1e[4]>13){next;}
       next;
       }
       else
       {
       $hash{$subId[0]}=1;
       }

       if($vitalsStatus eq 'alive')
{
my $days_to_last_follow_up=$i->{'diagnoses'}->[0]->{'days_to_last_follow_up'};
if(defined $days_to_last_follow_up)
{
print WF "$subId[0]\t$days_to_last_follow_up\t0\n";
}
}
else
{
my $days_to_death=$i->{'diagnoses'}->[0]->{'days_to_death'};
if(defined $days_to_death)
{
print WF "$subId[0]\t$days_to_death\t1\n";
}
}


       }
       close(WF);

       print Dumper $obj

       json文件一共有46884行，同时pl第25行if($vitalsStatus eq ‘alive’)错误是说这个未初始化，请教一下该如何解决。谢谢您。

       回复
       • daizao说：

         2019年9月28日 下午10:49

         可能是你循环里面的perl引用错了

         回复
       • 沐说：

         2019年10月8日 上午11:24

         您好~您的问题解决了吗，我的survival_time代码和你的基本一样，我也遇到了跟您同样的报错问题，想请教您最终怎么解决，万分感谢！

         回复
6. 老驴说：

   2019年10月1日 下午7:54

   求miRNA merge的perl脚本

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7. 吴莎说：

   2019年10月29日 上午11:31

   !/usr/bin/perl -w

   use strict;
   use warnings;

   my $file=$ARGV[0];

   use Data::Dumper;

   use JSON;
   my $json = new JSON;
   my $js;

   open JFILE, “$file”;
   while() {
   $js .= “$_”;
   }
   my $obj = $json->decode($js);

   print $obj->[0]->{‘cases’}->[0]->{‘diagnoses’}->[0]->{‘vital_status’} . “\n”;

   open(WF,”>time.txt”) or die $!;
   print WF “id\tfutime\tfustat\n”;
   my %hash=();
   for my $i(@{$obj})
   {
   my $vitalsStatus=$i->{‘cases’}->[0]->{‘diagnoses’}->[0]->{‘vital_status’};
   my $submitterId=$i->{‘cases’}->[0]->{‘diagnoses’}->[0]->{‘treatments’}->[0]->{‘submitter_id’};
   my @subId=split(/_/,$submitterId);
   if(exists $hash{$subId[0]})
   {
   #print $subId[0] . “\n”;
   next;
   }
   else
   {
   $hash{$subId[0]}=1;
   }

   if($vitalsStatus eq 'alive')
{
my $days_to_last_follow_up=$i->{'cases'}->[0]->{'diagnoses'}->[0]->{'days_to_last_follow_up'};
if(defined $days_to_last_follow_up)
{
print WF "$subId[0]\t$days_to_last_follow_up\t0\n";
}
}
else
{
my $days_to_death=$i->{'cases'}->[0]->{'diagnoses'}->[0]->{'days_to_death'};
if(defined $days_to_death)
{
print WF "$subId[0]\t$days_to_death\t1\n";
}
}


   }
   close(WF);

   print Dumper $obj

   上面是我的Perl脚本。

   回复
   • daizao说：

     2019年10月30日 上午6:32

     你看看meta文件，我觉的是你的perl引用时，用错了。

     回复
8. 吴莎说：

   2019年10月29日 上午11:37

   json文件说太长了，贴不了，我也是time.txt文件是空的。
   Use of uninitialized value $submitterId in split at survival_time.pl line 26, line 28921.
   Use of uninitialized value $subId[0] in exists at survival_time.pl line 27, line 28921.

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9. 桂程鹏说：

   2019年11月29日 下午2:08

   我的也是循环出错

   回复
   • daizao说：

     2019年11月30日 上午1:01

     额，那你得看看里面的数据结构有没有问题

     回复
     • chw说：

       2020年9月24日 下午4:44

       大佬可以加我一下微信吗，我也遇到循环出错问题，不知道怎么解决，13705204798，谢谢

       回复
       • daizao说：

         2020年9月24日 下午8:33

         最近实在没有精力排错，我看之间的评论下面有的是json引用方式有问题，你根据文件格式改一下吧

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   • chw说：

     2020年9月24日 下午4:38

     你的问题解决了吗，我也是这个问题

     回复
10. 申叶燑说：

    2020年5月9日 上午9:43

    您好！
    [rowMeans(data)>0,]是筛掉表达量低的基因吗？
    如果是，取rowMeans(data)>0.1是否可以，这个值在选取上有什么标准吗？
    谢谢您！

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    • daizao说：

      2020年5月10日 下午3:52

      我觉得也可以，这个阈值是可以自定义的

      回复
11. chw说：

    2020年9月22日 下午6:08

    survival_time.pl这个脚本文件可以给我一下吗，谢谢

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