deal with results of clusterProfiler and draw the personal picture(根据需要处理clusterProfiler的结果)

发表于2019年12月11日由daizao 
library(devtools)
install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler.dplyr")
library(clusterProfiler.dplyr)
ddd <- filter(kk_all_readable,Count>=4) #根据自己需要对数据过滤
tiff(file="KEGG_dotplot.tiff",width=25,height=30,units="cm",compression="lzw",bg="white",res=600)
dotplot(ddd, x="GeneRatio",color = "pvalue")
dev.off()

参考链接：clusterProfiler.dplyr

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TCGA_ATAC-seq 比对文件整理 （Adjusting alignment file of ATAC-seq in TCGA）

发表于2019年12月6日由daizao 
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use Cwd;
use File::Copy;

my $usage=<<USAGE;
Usage:
    perl $0 filename
    将该目录下的所有文件放在一个叫filename的文件夹下
USAGE
if(@ARGV==0){die $usage};

my $file1=$ARGV[0];
my $dir=getcwd;
my @filename;

opendir(DIR,$dir) || die $!;
my @temp=readdir(DIR);
for my $i (0..$#temp){
    if ((-d "$dir/$temp[$i]") & ($temp[$i] ne $file1)){
        opendir(DIR2,"$dir/$temp[$i]") || die $!;
        my @temp1=readdir(DIR2);
        for my $j (0..$#temp1){
            if((-f "$dir/$temp[$i]/$temp1[$j]") & (($temp1[$j])=~/.bam$/) | ($temp1[$j]=~/.bai$/) ){
                push(@filename,"$dir/$temp[$i]/$temp1[$j]");
            }
        }
    }
}
close(DIR2);
close(DIR);

#print @filename;

my $lujing="$dir/$file1";

if(!(-e $lujing)){
    mkdir ($lujing) || die "can not create $file1 doctory";
}

for my $i (0..$#filename){
    move("$filename[$i]","$lujing");
}
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use wget when prefetch disabled （prefetch无法下载时，使用wget下载）

发表于2019年11月21日由daizao 
less -SN nohup.out | tail -n 40 | grep https:// | perl -e 'while(<>){chomp($_);$_=~/(https:.*)/;print $1."\n"}'| sed 's/^/wget\t-c\t-t\t0\t/g' | perl -e 'while(<>){chomp;my @arr=split(/\t/,$_);my @temp=split(/\//,$arr[4]);my $id=pop(@temp);$id=~/(\S+)\.\d/;print $_."\t"."-O ".$1.".sra"."\n";}' | sed 's/\t/ /g' >> download_wget.sh
cat download_wget.sh | while read id ;do (nohup $id &);done
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Deal with documents by Perl

发表于2019年11月21日由daizao 
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;

my $usage=<<USAGE;
Usage:
    perl $0 filename_with_clinical.txt /path/to/file
USAGE
if(@ARGV==0){die $usage};

my $file1=$ARGV[0];
my $file2=$ARGV[1];
my @filename;

opendir(DIR,$file2) || die $!;
@filename=readdir(DIR);
splice(@filename,0,2);
close(DIR);

my $tcgaid;

open(RF,$file1) || die $!;
while(my $line=<RF>){
    chomp($line);
    my @arr=split(/\t/,$line);
    if(($. % 2) == 0){
        $tcgaid="$arr[2]-T2-$arr[3]";
    }else{
        $tcgaid="$arr[2]-T1-$arr[3]";
    }
    for my $i (0..$#filename){
        if($arr[0] eq $filename[$i]){
            rename ("$file2/$filename[$i]","$file2/$tcgaid.bw");
        }
    }
}
close(RF);
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handle many SAM files （批量处理SAM文件）

发表于2019年11月6日由daizao 
#sam2bam,bam2sort,bam2index
screen -S yourname
for i in `ls *.sam`;
do
j=${i/\.sam/};
echo "samtools view -b -S $j.sam > $j.bam
samtools sort $j.bam sorted_$j
samtools index sorted_$j.bam" >> $j.sh
done

for i in `ls *.sh`;do echo "bash $i" >> total.sh;done

ParaFly -c total.sh -CPU 9
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array arrangement by one column with perl or shell（矩阵根据某列排序（shell和perl））

发表于2019年10月26日由daizao 
#Perl
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
use warnings;
use Data::Dumper;

my $colnum;
my $n=0;
my $rownum=0;
my @list;

open(RF,"segmentationfile.txt") || die $!;
while(my $line=<RF>){
    chomp $line;
    my @arr=split("\t",$line);
    $colnum=@arr;
    for my $i (0..$colnum-1){
        $list[$rownum][$i]=$arr[$i]
    }
    $rownum=$rownum+1;
}
close(RF);

my @data=sort{ $a ->[1] cmp $b -> [1] } @list;

open(WF,">paixu_seg.txt") || die $!;
for my $i (0..$rownum-1){
    for my $j (0..$colnum-1){
        if ($j<$colnum-1){
            print WF $data[$i][$j]."\t";
        }else{
            print WF $data[$i][$j]."\n";
        }
    }
}
close(WF);


#shell

sort -k 2 -n  segmentationfile.txt | perl -e 'while(<>){chomp;@arr=split("\t",$_);if($arr[1]=~m/^[^\D]/){print $_."\n"}}' > 1.txt
sort -k 2 -n  segmentationfile.txt | perl -e 'while(<>){chomp;@arr=split("\t",$_);if($arr[1]=~m/^\D/){print $_."\n"}}' >> 1.txt
mv 1.txt segmentationfile_sort.txt
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