TCGA转录组数据下载–（TCGA官网GDC Tool的命令行方式下载）

发表于2018年7月9日由daizao

首先打开TCGA的 Launch Data Portal，并点击 Data Transfer Tool enter image description here

然后下载 GDC Data Transfer Tool Client enter image description here

进入命令行终端，下载之前在网页下载自己所需的Manifest文件，然后输入如下命令（此处以windows为例）：

gdc-client.exe -h
gdc-client.exe download -h
gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20180709_091154.txt 
#若下载中断，再次执行程序可以扫描出已下载的文件，当发现中断的文件，会删除中断的文件重新下载，然后继续下载未下载的文件
#gdc-client.exe download -m gdc_manifest_20180801_083429.txt -d methylayion_rawdata --log-file methylayion_rawdata/download.log
#如果有token，可以按照如下操作下载controlled data
gdc-client.exe download -n 4 -m gdc_manifest_20191125_093941.txt -t gdc-user-token_xxx.txt -d atac_bam --log-file download.log
Centos 7 beta
#nohup ./gdc-client download -m gdc_manifest_20180801_083429.txt -d methylayion_rawdata --log-file methylayion_rawdata/download.log > /dev/null 2>&1 &
nohup gdc-client download -n 2 -m gdc_manifest_20190324_172540.txt -d methy_rawdata/ --log-file methy_rawdata/download.log > /dev/null 2>&1 &

enter image description here enter image description here

便可下载所需文件

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